Sus principales funciones se centrarán en materia de planeación, promoción, regulación, supervisión y verificación que la ley confiere a la SHCP; teniendo la facultad de proponer e implementar la política para establecer y desarrollar las ZEE; así como establecer mecanismos particulares que contribuyan al establecimiento, promoción y adecuado desarrollo en gestión y operación de estos proyectos.

La Auditoría Superior de la Federación realizará la fiscalización de los recursos públicos que ejerza el organismo y el Presupuesto de Egresos de la Federación establecerá sus asignaturas. El órgano entregará su informe al Congreso de la Unión sobre la operación en cada zona y sus resultados como fecha límite el 15 de mayo de cada año.

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